• Director General de Puertos

• Dirección Obras Marítimas y Dragado
  • Subdirección de Estudios y Proyectos
    • Departamento de Estudios Físicos y de Ingeniería Básica
    • Departamento de Catastro Instalaciones y Recintos
    • Departamento de Proyectos Marítimos y Portuarios
    • Departamento de Evaluación Técnica de Concesiones y Permisos
  • Subdirección de Licitaciones de Obra Publica y Contrataciones
    • Departamento de Licitaciones y Programación de Obras
    • Departamento de Contratos de Obra Publica y Servicios en General
    • Departamento de Precios Unitarios y Presupuestos
  • Subdirección de Construcción, Supervisión y Control de Obras
    • Departamento de Supervisión de Obras Portuarias
      
    • Departamento de Supervisión de Obras de Dragado
      
    • Departamento de Control y Seguimiento de Obras
      
    • Departamento de Análisis y Evaluación de Obras

• Dirección de Finanzas y Operación Portuaria◦Subdirección de Tarifas
• Departamento de Regulación Tarifaria de Servicios
• Departamento de Regulación Tarifaria de Bienes
• Subdirección de Estadística e Informática
  • Departamento de Estadística
  • Departamento de Integración de Proyectos Tecnológicos
• Subdirección de Operación Portuaria y Asuntos Internacionales
  • Departamento de Asuntos Internacionales
  • Departamento de Operación Portuaria

• Dirección de Desarrollo Portuario
  • Subdirección de Políticas y Programas
    • Departamento de Desarrollo Portuario y Análisis Económico
  • Subdirección de Gestión Portuaria
    • Departamento de Gestión Portuaria y Costera
  • Subdirección de Evaluación de Programas
  • Departamento de Coordinación Sectorial y Unidad de Verificación

• Dirección de Concesiones, Permisos y Autorizaciones
  • Subdirección de Procedimientos
    • Departamento de Titulación
    • Departamento de Actualización Normativa
  • Subdirección de Administración Portuaria
  • Departamento de Contratos
  • Departamento de Integración Documental
  • Subdirección de Sanciones
  • Departamento de Inspección
  • Departamento de Revocación y Sanciones
  • Subdirección de Apoyo a lo Contencioso
  • Subdirección de Consulta y Estudios Legislativos

• Subdirección de Adminstración
  • Departamento de Recursos Materiales
  • Departamento de Recursos Financieros
  • Departamento de Recursos Humanos